Konfederaation kenraali Thomas “Stonewall” Jackson vangitsee Harpers Ferryn, Virginia (nykyinen Länsi-Virginia) ja noin 12 000 unionin sotilasta, kun kenraali Robert E. Leen armeija siirtyy pohjoiseen Marylandiin.
Harpers Ferryn sisällä sijaitseva liittovaltion varuskunta oli haavoittuvainen liittovaltion hyökkäyksestä sen jälkeen, kun Lee hyökkäsi Marylandiin syyskuussa. Potomac-joen vieressä oleva strateginen kaupunki erotettiin muusta unionin armeijasta. Potomacin armeijan komentaja kenraali George B. McClellan lähetti sille Unionin kenraalille Dixon Milesille, Harpers Ferry-varuskunnan komentajalle, pitämään kaupunkia hinnalla millä hyvänsä. McClellan lupasi auttaa, mutta hänen täytyi olla tekemisissä muun konfederaation armeijan kanssa.
Jackson veti tykistönsä paikoilleen ja alkoi pilata kaupunkia 14. syyskuuta. Yankeilla oli vähän ampumatarvikkeita, ja Miles tarjosi vähän vastustusta ennen kuin suostui antamaan antautumisen 15. syyskuuta aamulla. Kun Milesin apu, kenraali Julius White, matkusti Jackson neuvottelemaan luovuttamisehdoista, yksi liittovaltion tykki jatkoi tulipaloaan. Miles haavoittui kuolettamalla viimeinen ampuminen Harpers Ferrylle.
Yankeit luovuttivat 73 tykistökappaletta, 13 000 kivääriä ja noin 12 000 miestä Harpers Ferrylle. Se oli sodan suurin yksittäinen unionin antautuminen.
Harpers Ferryn kaatuminen vakuutti Leeen muuttamaan suunnitelmiaan. Saatuaan suuria tappioita 14. syyskuuta Marylandissa South Mountainin taistelussa Harpers Ferrystä koilliseen, Lee oli aikonut koota hajautetut joukkonsa ja palata Virginiaan. Nyt, Harpers Ferry -turvallisuuden kanssa, hän kutsui Jacksonin liittymään muuhun joukkoonsa Sharpsburgin, Marylandin ympärille. Kaksi päivää myöhemmin, 17. syyskuuta, Lee ja McClellan taistelivat Antietamin taistelussa.
