Klo 12:18, terroristipommi räjähtää New Yorkin maailmankaupan keskuksen pysäköintihallissa, jättäen kraatterin 60 metrin leveydelle ja aiheuttaen useiden teräsraudoitettujen betonilattioiden romahtamisen räjähdyksen läheisyydessä. Vaikka terroristipommi ei onnistunut vahingoittamaan kriittisesti pilvenpiirtäjien päärakennetta, kuusi ihmistä kuoli ja yli 1000 loukkaantui. Itse World Trade Center kärsi yli 500 miljoonan dollarin vahingoista. Hyökkäyksen jälkeen viranomaiset evakuoivat rakennuksista 50 000 ihmistä, joista sadat kärsivät savun hengittämisestä. Evakuointi kesti koko iltapäivän.
Kaupungin viranomaiset ja liittovaltion tutkintatoimisto (FBI) ryhtyivät massiiviseen etsintään epäiltyille, ja muutamien radikaalien islamilaisten fundamentalistien pidättämisessä pidätettiin muutaman päivän kuluessa. Liittovaltion tuomaristo tuomitsi maaliskuussa 1994 Mohammed Salamehin, Ahmad Ajajin, Nidal Ayyadin ja Mahmoud Abouhaliman pommi-roolistaan, ja kukin tuomittiin kuolemaan vankeuteen. Palestiinalainen Salameh pidätettiin, kun hän meni hakemaan 400 dollarin talletuksen, jonka hän oli jättänyt hyökkäyksessä käytetylle Ryder-vuokra-pakettiautolle. Ajaj ja Ayyad, joilla molemmilla oli rooli pommin rakentamisessa, pidätettiin pian sen jälkeen. Räjähteiden ostamisessa ja sekoittamisessa auttanut Abouhalima pakeni Saudi-Arabiaan, mutta pyydettiin Egyptistä kaksi viikkoa myöhemmin.
Hyökkäyksen Ramzi Ahmed Yousefin päämiehe pysyi suurelta osin helmikuuhun 1995 asti, jolloin hänet pidätettiin Pakistanissa. Hän oli aiemmin ollut Filippiineillä, ja hänen poistuneesta tietokoneesta löydettiin terroristisuunnitelmat, jotka sisälsivät tontin paavi Johannes Paulus II tappaa ja suunnitelman pommittaa 15 amerikkalaista lentoyhtiötä 48 tunnissa. Lennolla takaisin Yhdysvaltoihin Yousef myönsi salainen palvelupalvelun edustajalle, että hän oli jo suunnannut kauppakeskuksen hyökkäyksen alusta lähtien ja väitti jopa asettaneensa sulake, joka räjähti 1 200 punnan pommi. Hänen ainoa valituksensa, agentti lainasi Yousefia sanoen, oli, että 110-kerroksinen torni ei romahtanut kaksoissuunnitelmaansa suunnitelman mukaisesti, mikä olisi aiheuttanut tuhansia kuolemantapauksia.
Eyad Ismoil, joka ajoi Ryder-pakettiauton maailmankaupan keskuksen alapuolella olevaan pysäköintihalliin, vangittiin Jordaniassa sinä vuonna ja vietiin takaisin New Yorkiin. Kaikilla miehillä oli siteitä Sheik Omar Abdel Rahmaniin, radikaalin Egyptin uskonnolliseen johtajaan, joka toimi New Jerseyssä sijaitsevasta Jersey Citystä, joka sijaitsee Hudson-joen vastapäätä Manhattanilta. Vuonna 1995 Rahman ja 10 seuraajaa tuomittiin pyrkimyksestä räjäyttää YK: n päämaja ja muut New Yorkin maamerkit. Syyttäjät väittivät, että Maailman kauppakeskuksen hyökkäys oli osa salaliittoa, vaikka tästä syytteestä oli esitetty vain vähän selviä todisteita.
Marraskuussa 1997 Yousef ja Ismoil tuomittiin oikeussalissa vain muutaman korttelin päässä twin-tornista, ja heidät tuomittiin myöhemmin vankilaan vankeuteen ilman ennakkoehtoa. Vain yksi mies, jonka uskotaan olevan suoraan mukana hyökkäyksessä, irakilainen Abdul Rahman Yasin, on edelleen kaukana.
Yhdysvaltojen Kenian ja Tansanian suurlähetystöjen pommitusten jälkeen vuonna 1998 Yhdysvaltain tutkijat alkoivat epäillä, että Yousefilla oli siteitä Saudi-Arabian maanpakoon, Osama bin Ladeniin, joka oli Yhdysvaltain vastainen päällikkö. al Qaidan terroristiverkosto. Ei ole vielä määritetty, oliko bin Laden tosiasiallisesti mukana vuoden 1993 Twin Tower -hyökkäyksissä, mutta 11. syyskuuta 2019 kaksi al-Qaidan terroristien ryhmää lopetti Yousefin aloittaman työn kaatuakseen kaksi kaapattua lentokonetta maan pohjoiseen ja eteläiseen torniin. World Trade Center.
Pilvenpiirtäjien rakenneteräs ei kestänyt palaavan polttoaineen aiheuttamaa valtavaa lämpöä, ja molemmat romahtivat kahden tunnin sisällä iskusta. Maailman kauppakeskuksessa ja sen läheisyydessä kuoli lähes 3000 ihmistä, mukaan lukien hämmästyttävä 343 palomiestä ja 23 poliisia, jotka yrittivät toteuttaa evakuoinnin loppuun ja pelastaa ylemmissä kerroksissa loukkuun jääneet toimistotyöntekijät. Ainoastaan kuusi ihmistä maailmankaupan keskuksen torneissa hengissä. Lähes 10 000 muuta ihmistä hoidettiin vammoista, monet vakavista.
