Ison-Britannian taistelun aikana saksalainen Luftwaffen käynnistää raskaan yön yölentokunnan Lontooseen. Pyhän Paavalin katedraalin kupolin lävisti natsipommi, jolloin korkea alttari oli pilalla. Se oli yksi harvoista tilanteista, jossa 1700-luvun katedraali kärsi merkittäviä vahinkoja Saksan Lontoon lähes lakkaamattomien pommitusten yhteydessä Lontoossa syksyllä 1940.
Perinteiden mukaan jumalattaren Dianan roomalainen temppeli seisoi kerran Ludgate-kukkulalla Pyhän Paavalin katedraalin kohdalla. Vuonna 604 kuningas Aethelberht I omistautui siellä ensimmäisen kristillisen katedraalin St. Paulille. Tuomiokirkko paloi, ja sen korvaamisen tuhosivat viikingit vuonna 962. Kolmas katedraali tuhoutui tulipalossa vuonna 1087, ja se korvattiin suurella Norman-rakennuksella, joka valmistui 13. vuosisadalla. 1500-luvulla neljäs katedraali kaatui rappeutuneeksi ja tuhoutui tulipalossa, ja lisää vahinkoja tehtiin Englannin sisällissodassa 1700-luvulla. Englantilainen arkkitehti Sir Christopher Wren valittiin 1660-luvulla korjaamaan katedraalia, mutta Lontoon suuri palo puuttui asiaan tuhoamalla Vanhan Pyhän Paavalin katedraalin vuonna 1666.
Tulipalon seurauksena Wren suunnitteli uuden Pyhän Paavalin tuomiokirkon, jonka ympärillä kymmeniä pienempiä uusia kirkkoja oli satelliittien tavoin. Katedraali oli Wrenin mestariteos, jossa oli barokkisuunnittelu ja näkyvä, komea kupoli. Wren itse asettui peruskoloon vuonna 1675 ja asetti vuonna 1710 viimeisen kiven paikoilleen. Kun arkkitehti kuoli vuonna 1723, hänet haudattiin suurella seremonialla Pyhän Paavalin alueelle. Hänen haudan lähellä oleva kirjoitus lukee, Luennoitsija, vaatimukset täyttävä, suositeltavaLatinan kielellä ”Lukija, jos etsit muistomerkkiä, katso sinusta.” Monet muut merkittävät Ison-Britannian kansalaiset liittyivät myöhemmin St. Paulin salakirjeisiin, mukaan lukien armeijan sankarit lordi Nelson ja Wellingtonin herttua.
Pyhän Paavalin katedraalista tuli inspiraatio brittiläisille toisen maailmansodan aikana. Ison-Britannian taistelussa Luftwaffe yritti pommittaa Ison-Britannian alistamista lyömällä Lontoota ja muita suuria kaupunkeja, mutta Pietarin päästi ihmeellisesti suuriin pommivahinkoihin, vaikka lähellä olevat historialliset rakennukset pienennettiin raunioiksi. Kuvista Pyhän Paavalin kehättämästä savusta ja tulesta tuli symboli Ison-Britannian hennotonta henkeä. Siviiliturvajoukot, mukaan lukien Pyhän Paavalin palonvahti, suojasivat rakennetta tulipalon varalta, ja yhdessä vaiheessa räjähtämätön pommi poistettiin suuressa vaarassa katedraalin katolta. Huolimatta vahingoista, jotka aiheutettiin illalla 9. lokakuuta 1940, katedraali selvisi tehokampanja suurelta osin ehjä. Vuonna 1944 Pyhän Paavalin soittokello soi juhlimaan Pariisin vapautusta, ja vuonna 1945 sodan päättymistä palveleviin palveluihin osallistui 35 000 ihmistä.
